2016年，评测中心在原有C版实验室质量管理体系基础上，依据CNAS-CI01：2012《检验机构能力认可准则》和CNAS-CI02：2015《检验机构能力认可准则的应用说明》两个准则的相关要求，增加了通用要求、结构要求、资源要求、过程要求和管理体系要求5个方面21个要素的内容，建立了检验机构质量管理体系，完成了实验室质量管理体系和检验机构质量管理体系完善和结合，并正式升级为D版（针对实验室体系是D版，针对检验机构体系应是A版）并发布实施。

历经2年的运行，评测中心质量管理体系满足认可委的相关认可准则要求。但由于实验室和检验机构两套体系部分内容界限不清晰，合并体系不利于新员工的学习等原因，容易导致对体系的理解和执行不到位。2018年12月起，评测中心组织相关人员，将实验室管理体系和检验机构管理体系拆分各自独立运行，并依据认可委发布的最新的认可准则，将实验室管理体系从D版升级为E版，将检验机构管理体系从A版升级为B版。新版实验室和检验机构管理体系文件根据各自实际业务特点各有侧重，满足相关认可准则要求的同时更加方便理解和执行。该两套新版管理体系已于2019年1月15日正式发布运行。